カトリック別府教会は、1931年に大分教会から独立して以来、別府小教区として現在まで歩みを続けてきました。
別府教会の大きな特徴は、サレジオ修道会が運営していることです。
一般的に、教会は教区(大分・宮崎では大分教区)が運営していることが多く、別府教会のように修道会が運営している教会は日本では少数です。
別府教会の敷地内には、司祭館と呼ばれているサレジオ修道院があり、別府教会はサレジオ会に属する司祭を主任司祭とし、信徒への指導をしていただいています。
サレジオ会は青少年の教育を理念の中心に置く修道会のため、別府教会でもその精神を色濃く受けています。